Основателем учения стал ученый монах-расстрига Мартин Лютер. В 1510 году ему лично пришлось наблюдать распущенность папского двора и римского духовенства. В 1516 году, в связи с очередной активизацией продажи индульгенций (грамот, в которых свидетельствовалось, что купивший их человек освобождается от наказания за грехи), Лютер выступил с обличениями этого явления. Завязался словесный поединок между папской властью и Лютером, которому пригрозили костром инквизиции. В 1520 году Лютера отлучили от церкви и только заступничество некоторых рыцарей, князей, профессоров и широкого круга общественности Германии спасло его от смерти.
В 1529 г. германские князья и представители городов подписали Протестацию - протест против решения 2-го Шпейерского рейхстага об ограничении распространения в Германии лютеранства, откуда и появилось название "протестанты". В дальнейшем к протестантской ветви христианства стали относить все отделившиеся от римско-католической церкви религиозные течения и организации, образовавшиеся в результате их многочисленных собственных расколов - всего более тысячи самостоятельных исповеданий и церквей.
Основная цель, которую преследовал Лютер, вступив в борьбу с Римом, - это возвращение христианства к его первоначальной чистоте. Однако, стремясь к очищению христианства, Лютер не имел представления об основах апостольского учения, сохраненных Православием и искаженных католицизмом, в традициях которого был воспитан Лютер. Поэтому в своей реформаторской деятельности он руководствовался лишь собственным представлением о церковной жизни, что было явно недостаточно для достижения поставленной цели.
Одним из главных элементов вероучения Лютера является утверждение о возможности спасения человека одной лишь верой: "Человек вполне пассивно относится к своему обращению, а лишь переносит, что делает с ним Бог. Спасение совершается Самим Богом, не делами человека, но одной верою в искупление, совершенное Христом, и эта вера является единственным условием спасения". Особенностью этой веры является то, что человек верит и не сомневается в том, что и он один из тех, которым дана благодать. Если он в это верует - он свят, благочестив, оправдан и есть дитя Божие.
В вопросе о церкви и священстве Лютер учит, что церковь следует понимать в двух смыслах: как видимое общество крещеных людей (церковная масса) и как невидимое общение, духовное общество, объединенное всеобщей любовью. Такая церковь невидима и верные чада ее известны лишь Господу Сердцеведцу. А духовное священство - принадлежность христиан. "Все мы священники, т.е. все мы дети Христа... Все мы через крещение делаемся священниками". Такой подход позже послужил тому, что многие из протестантских конфессий вообще откажутся от института церковной иерархии как людей, особо наделяемых благодатью, сохраняющих ее и имеющих особое право на передачу ее через рукоположение.
Поскольку Лютер отверг Предание Церкви как основной критерий истинности веры и положил в основание субъективную уверенность в правоте своих взглядов, протестантизм как движение уже при жизни своего основателя, стал дробиться на множество направлений. Каждый, считавший себя способным толковать Писание, создавал свою собственную секту.
В России
лютеране, равно как и представители других традиционных протестантских конфессий, появились в XVI веке. Сначала протестанты пользовались большим доверием среди некоторых представителей российских властей того времени, а в условиях постоянной военной конфронтации с католической Польшей даже рассматривались как естественные союзники православной России в борьбе против попыток католической экспансии в Европе. После отмены в России крепостного права начинается обращение в протестантизм русских, украинцев, представителей других народов Российской Империи.